那密宗里面所讲的秘密又是什么原理呢？大乘佛教之中虽然有显明的教义和秘密的教义这两个用词，但不是好像日本密宗所讲的显教和密教一样，含有价值判断的意思。一般所谓的秘密，很容易使人认为是怕给人知道，属于个人独有而不公开的意思，对于这个秘密，空海上师在辨显密二教论中亦都有说，秘密这个词有两层意思，第一就是众生的秘密；另一个是如来的秘密。
众生的秘密，又称为众生的自秘。在这里所讲如来的秘密，是指被佛隐藏起来，不让我们看见的那一部分，这个不是佛不舍得给众生知道，将这些秘密隐藏，而是由于法理深奥，不可思议，不是浅机的人所能信受，在我们具备正确接受或者消化的能力之前，不给我们说，反而较好。所以暂时予以保密，等时机成熟再予传授。
尤其是密宗，是更重视实践，对于没接受过某种程度肉体训练的人来说，授予高度洗练的修行法，反而有损伤我们身体的危险，无论是体操的技术或者各种运动技能的训练，都需要由教练根据选手的进度，逐步授予高度技术，密宗的情形亦都可以说与这个道理相似的。
总之，所谓如来的秘密就是不给众生任何不利的东西，根据众生进度的程度，逐渐予以公开。另一方面，实际上亦都可以说从来不加以隐藏，只因为众生在这一方面是没张开眼睛，所以见不到变成的秘密，所以称为众生的秘密，是自己不开眼，所以使到它变成秘密，所谓称为众生的自秘。
有些人同样的地方去过两三次，认为那个地方一点都无改变，但是有些人曾经两次去过的时候，就发现这个地方已经不同了，等这个人去这个地方第三次，就真正了解到不同的地方在哪里？或者因为自己的知识增加了，或者关心的对象改变，上一次来看这一样的东西时，虽然这一样东西存在，但我们什么都看不到。人际关系都一样，对方虽然无改变，但往往因为我们的心情或者了解程度的加深，而对对方产生不同的评价，这个就是众生的自秘。
密宗所谓的秘密，无论是本来的秘密或是众生的秘密，都无吝啬的心或者恶意隐藏，是我们自己缺乏能力演变成秘密而已。由此可知，无见不到事物的真相，至于真相隐藏，被人见不到，其实是众生自己的责任。
由空海上师所著的《秘藏宝钥》之中有一句话，很值得我们参考，他说：“显若拂尘，真言开阔” 。他说显教药物是拂去一些尘埃，真言秘密乘呢，是开我们智慧的宝藏，这两句话，简明扼要指出，显教和密宗不同的功能，显教要人悟道，尽量将事物上的灰尘清除，给眼晴看见非常美妙的东西，相对密宗要人修持，将外在的事物视为次要，直接进入事物的内里，掌握原有的形象，所以认为只是用口去讲一讲，不采取行动去修行是不行的，其实要应该立即打开我们秘密的宝藏去修行，但是进入秘密的仓库里面所必须要的钥匙，不是随处都有，要找钥匙，首先要将复盖在眼睛上的灰尘清除，所以，密宗可以话是从自我的彻底改造开始的。
